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育种方式不同，安全性不同。
1、育种方式不同：转基因水稻是通过基因工程技术，将特定的基因导入水稻中，以获得具有特定性状的水稻品种。而杂交水稻则是通过传统的杂交育种技术，将两个不同的水稻品种进行杂交，以获得具有优良性状的水稻品种。
2、安全性不同：转基因水稻由于涉及基因的改变，其安全性受争议。而杂交水稻则是通过传统的育种技术，其安全性得到了广泛的认可。
杂交水稻是基因工程还是细胞工程?
杂交水稻属于生物技术领域中的基因工程。
杂交水稻指选用两个在遗传上有一定差异，同时它们的优良性状又能互补的水稻品种进行杂交，生产具有杂种优势的第一代杂交种，就是杂交水稻。一般杂交水稻仅指由两个遗传背景相同的不育系和恢复系杂交后形成的第一代杂交种。
大面积推广的杂交水稻主要是利用水稻雄性不育系作为遗传工具，中国是世界上第一个成功研发和推广杂交水稻的国家。杂交水稻具有个体高度杂合性，杂种后代出现性状分离，故需年年制种，和杂交水稻相对应的是常规水稻，水稻属于农业部门中的种植业。
水稻介绍
杂交水稻是指两个具有一定遗传差异和优良性状互补性的水稻品种之间进行有性杂交，从而产生具有杂种优势的第一代杂交稻。其适应性强于父本和母本，产量较高。与传统水稻相比，区别在于它能否保存自己的种子。
水稻存在明显的杂种优势现象，主要表现在生长旺盛、根系发达、穗大粒多、抗逆性强等方面，利用杂种优势大幅度提高水稻产量是育种家的梦想。然而，水稻是一种自花授粉的植物，雌雄均在同一颖花中产生。由于颖片花小，每花只有一粒种子，很难通过人工脱雄杂交的方法生产出大量的第一代杂种种子，长期以来水稻杂种优势一直没有得到应用。
杂交水稻是基因工程。
杂交水稻（hybrid rice）指选用两个在遗传上有一定差异，同时它们的优良性状又能互补的水稻品种进行杂交，生产具有杂种优势的第一代杂交种。一般杂交水稻仅指由两个遗传背景相同的不育系和恢复系杂交后形成的第一代杂交种。大面积推广的杂交水稻主要是利用水稻雄性不育系作为遗传工具。
作用
中国发明的杂交水稻，除国内发展迅速外，在国外，已有越南、印度尼西亚、菲律宾和美国在大面积生产上应用，并取得了显著的增产效果。
2021年10月17日，国家杂交水稻工程技术中心（湖南杂交水稻研究中心）在湖南省衡南县开展2021年南方稻区双季亩产1500公斤攻关测产验收，测得晚稻平均亩产为936.1公斤。加上此前测得的早稻平均亩产667.81公斤，由“杂交水稻之父”袁隆平团队研发的杂交水稻双季测产为1603.9公斤，成功突破亩产1500公斤目标并创造新的纪录。
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